Six mois après les événements de Trails in the Sky Second Chapter, Liberl s'est à nouveau installé dans la paix, mais même en période de paix, nombreux sont les distingués et chanceux qui brûlent de cupidité grâce à l'influence d'anciens artefacts. La plupart de la population reste inconsciente de leurs abus de pouvoir, mais pour l'ordre le plus énigmatique de la bien-aimée Église Septienne, la Gralsritter, étouffer ces prétendus méchants et revendiquer des artefacts en leur nom est aussi quotidien que de professer sa foi en la Déesse. .
À la veille d'une autre mission terminée avec succès, le membre de haut rang, le père Kevin Graham, est immédiatement chargé de récupérer un autre artefact qui repose sous la cathédrale de Grancel. De plus, même s'il s'agit d'une tâche qu'il pourrait facilement accomplir seul, il doit le faire à contrecœur en partenariat avec sa nouvelle recrue, la recrue Gralsritter et son amie d'enfance Sœur Ries Argent.
Ainsi commence le début d'une mission routinière qui devient tout sauf plonger dans un royaume nouveau et mystérieux qui suit un ensemble de règles anormalement strictes : Phantasma. Là-dedans, l'histoire de l'Église Septienne et le passé des nombreux visages familiers qui ont pris les armes pour l'avenir de Liberl seront mis à nu… et certains auraient peut-être mieux fait de rester à jamais scellés derrière des portes closes.
