Los eventos en The Legend of Heroes Trails in the Sky the 3rd tienen lugar medio año después de los eventos de Trails in the Sky Second Chapter, Liberl se ha asentado en paz una vez más, pero incluso en tiempos de paz, hay muchos entre los distinguidos y afortunados. ardiendo de codicia gracias a la influencia de artefactos antiguos. La mayoría de la población desconoce sus abusos de poder, pero para la orden más enigmática de la amada Iglesia Septiana, los Gralsritter, acabar con estos posibles villanos y reclamar artefactos en su nombre es tan cotidiano como profesar la fe en la Diosa. .
En la víspera de otra misión completada con éxito, el miembro de alto rango Padre Kevin Graham es asignado de inmediato para recuperar un artefacto más que descansa debajo de la Catedral de Grancel. Además, a pesar de que esta es una tarea que podría completar fácilmente por su cuenta, debe hacerlo de mala gana en asociación con su nuevo recluta, el novato Gralsritter y su amiga de la infancia, la hermana Ries Argent.
Así comienza el comienzo de una misión rutinaria que se convierte en todo lo contrario, adentrándose en un nuevo y misterioso reino que sigue un conjunto de reglas anormalmente estrictas: Phantasma. Allí, la historia de la Iglesia Septiana y el pasado de los muchos rostros familiares que tomaron las armas por el bien del futuro de Liberl quedarán al descubierto... y algunos podrían haber estado mejor si se quedaran sellados para siempre a puerta cerrada.
